A Történelmi Intézet az elmúlt évtizedekben számos önálló kiadványt és periodikát gondozott. Utóbbiak közül az Acta Classica, illetve a Történeti Tanulmányok (Acta Universitatis Debreceniensis Series Historica) tekint vissza a legjelentősebb múltra. Az utóbbi az 1960-as évek második felében indult Magyar Történeti Tanulmányok, illetve Egyetemes Történeti Tanulmányok egyesítése után, 1992-ben indult útjára (jelenlegi főszerkesztője Barta Róbert intézetigazgató). A Klasszika-filológiai és Ókortörténeti Tanszék égisze alatt működött az elmúlt két évtizedben az Ókortudományi Értesítő, illetve az idegen nyelven kiadott Hungarian Polis Studies (HPS) is. Szintén 1992-ben jelent meg először a Klió Történettudományi Szemléző Folyóirat, amely a friss külföldi (tehát idegen nyelveken megjelent) történettudományi kutatások eredményeit mutatja be értékelő megjegyzésekkel magyar nyelven (jelenlegi főszerkesztője Bárány Attila professzor).
Az Intézet 2009-ben indította útjára a Speculum Historiæ Debreceniense című könyvsorozatát, amely önálló monográfiákat, illetve tanulmányköteteket is tartalmaz (sorozatszerkesztő Papp Klára professzor). Ennek keretében 2021-ig összesen 33 kötet látott napvilágot. 2012-ben a hallgatói tehetséggondozás céljával alapítottuk a Hallgatói Műhelytanulmányok sorozatot, amely a szárnyaikat bontogató alap-, mester- és doktori képzésben résztvevő, tehetséges történelem szakos hallgatók számára biztosít publikációs lehetőséget (a különböző kötetek szerkesztői Barta Róbert, Forisek Péter, Kerepeszki Róbert, Schrek Katalin, Szendrei Ákos, illetve Hajdúfi Orsolya és Szabó-Zsoldos Gábor voltak).
Mindezek mellett az Intézet oktatói és munkatársai az elmúlt évek során is számos tanulmánykötetet és önálló monográfiát adtak közre. A honlapon található válogatás ezek közül azokat tartalmazza, amelyek az Intézet kiadásában vagy támogatásával jelentek meg.
Az Intézet több oktatója és más történész-műhelyek kutatói 2012-től visszatérő vendégei Hajdúnánás városának, amely évről évre otthont ad a Vidék és város konferencia-sorozatunknak. Az ezeken elhangzott előadásokat rendszeresen tanulmánykötet formájában jelentetjük meg Hajdúnánás városa támogatásával.
A Történelmi Intézet kiadásában megjelent kötetek megvásárolhatóak a Prospero Internetes Könyváruházban.